Deep Agents CLI 在两个目录层次结构中存储数据：
~/.deepagents/ — 专门用于 Deep Agents 的数据（代理记忆、技能、会话）~/.agents/ — 工具无关的数据（跨 AI CLI 工具共享的技能）
目录结构
~/.deepagents/
├── sessions.db # SQLite 数据库，用于对话检查点
├── history.jsonl # 命令输入历史记录
└── {agent}/ # 每个代理目录（默认： "agent"）
├── AGENTS.md # 用户对代理指令的自定义
├── skills/ # 用户级技能
│ └── {skill-name}/
│ └── SKILL.md
└── agents/ # 自定义子代理定义
└── {subagent-name}/
└── AGENTS.md
~/.agents/ # 工具无关的别名（跨 AI CLI 共享）
└── skills/ # 任何兼容工具可用的技能
└── {skill-name}/
└── SKILL.md
{project}/ # 项目级（在 git 根目录中）
├── AGENTS.md # 项目指令（根级别）
└── .deepagents/
│ ├── AGENTS.md # 项目指令（首选位置）
│ ├── skills/ # 项目特定技能
│ │ └── {skill-name}/
│ │ └── SKILL.md
│ └── agents/ # 项目特定子代理
│ └── {subagent-name}/
│ └── AGENTS.md
└── .agents/ # 工具无关的项目技能
└── skills/
└── {skill-name}/
└── SKILL.md
数据存放位置
| 数据 | 位置 | 读写权限 | 备注 |
|---|
| 会话 | ~/.deepagents/sessions.db | R/W | SQLite 检查点数据库 |
| 输入历史记录 | ~/.deepagents/history.jsonl | R/W | JSON 格式，上下箭头调用 |
| 基础指令 | 包 default_agent_prompt.md | R | 不可变，随 CLI 升级更新 |
| 用户自定义 | ~/.deepagents/{agent}/AGENTS.md | R/W | 附加到基础指令 |
| 项目指令 | .deepagents/AGENTS.md 或 AGENTS.md | R | 同时存在则均加载 |
| 用户技能 | ~/.deepagents/{agent}/skills/ | R/W | 代理特定的技能 |
| 共享技能 | ~/.agents/skills/ | R | 工具无关，跨 CLI 共享 |
| 项目技能 | .deepagents/skills/ 或 .agents/skills/ | R | 项目范围 |
| 自定义子代理 | ~/.deepagents/{agent}/agents/ | R/W | 用户定义的子代理 |
| 项目子代理 | .deepagents/agents/ | R | 项目定义的子代理 |
优先级规则
当同一项存在于多个位置时，最高优先级完全获胜（不合并）。
优先级顺序（从低到高）：
~/.deepagents/{agent}/skills/ — 用户 Deep Agents~/.agents/skills/ — 用户工具无关.deepagents/skills/ — 项目 Deep Agents.agents/skills/ — 项目工具无关 (最高)
当加载技能时，CLI 验证解析后的文件路径是否在这些目录之一内。指向所有技能根目录之外的符号链接被拒绝。如需允许指向其他目录的符号链接，请参阅 [skills].extra_allowed_dirs（见 配置 > 技能额外允许目录）。
子代理
优先级顺序（从低到高）：
~/.deepagents/{agent}/agents/ — 用户级别.deepagents/agents/ — 项目级别 (最高)
每个子代理是一个带有 YAML 前置信息 (name, description, 可选 model) 的 AGENTS.md 文件，以及用于系统提示的 markdown 体。请参阅 自定义子代理 获取完整格式参考。
所有指令来源 合并（不覆盖）：
- 包基础提示 (始终加载)
~/.deepagents/{agent}/AGENTS.md (附加).deepagents/AGENTS.md (附加)- 项目根目录下的
AGENTS.md (附加)
.deepagents vs .agents
| 目录 | 用途 | 使用时机 |
|---|
.deepagents/ | Deep Agents CLI 特定的 | 使用 CLI 特定功能的技能和配置 |
.agents/ | 工具无关的 | 您希望在不同 AI CLI 工具之间共享的技能 |
使用 .agents/skills/ 用于与任何 AI 编码助手兼容的技能。
使用 .deepagents/skills/ 用于依赖于 Deep Agents 特定工具或约定的技能。
| 需求 | 行动 |
|---|
| 重置所有数据 | rm -rf ~/.deepagents |
| 只清除会话 | rm ~/.deepagents/sessions.db |
| 清除输入历史记录 | rm ~/.deepagents/history.jsonl |
| 重置代理指令 | deepagents agents reset --agent {name} |
| 删除技能 | rm -rf ~/.deepagents/{agent}/skills/{skill-name} |
删除 ~/.deepagents/sessions.db 将移除所有对话历史记录和检查点。
此操作无法撤销。
通过 MCP 将这些文档连接到 Claude、VSCode 等，以获得实时答案。
